Tujuan program studi Doktor merupakan turunan dari tujuan pendidikan di tingkat fakultas/sekolah yang juga memperhatikan tujuan pendidikan ITB dan tujuan pendidikan Tinggi nasional (di Indonesia). Adapun Tujuan Pendidikan Program Studi Doktor Biologi SITH-ITB adalah:
- Menjadi peneliti mandiri yang dapat menghasilkan karya ilmiah dan karya inovatif bertaraf internasional
- Mengembangkan ilmu Biologi terkini untuk memberikan sumbangan orisinil kepada bidang ilmunya
- Mampu melakukan pengalihan ilmu kepada masyarakat dalam bidangnya